E vendosur në lagjen Higashi-Gotanda në pjesën veriore të Shinagawa (Tokio), Qendra kulturore islamike u themelua nga Shoqata Muslimane në Japoni, organizata më e madhe e muslimanëve japonezë.

"Shpresoj se kjo qendër do të jetë një vend ku muslimanët dhe jo-muslimanët do të kenë mundësi t’i thellojnë të kuptuarit mes njëri-tjetrit", thotë Kimiaki Tokumasu (73), kryetar i Shoqatës të themeluar në vitin 1952.
Shoqata muslimane japoneze ka rreth 500 anëtarë. Deri më sot, për faljen e namazit, ata kanë shfrytëzuar apartamentin në lagjen Yoyogi të Tokios, por hapësira ishte shumë e vogël dhe vizitorët që vijnë për herë të parë nuk ishin në gjendje ta gjejnë apartamentin.
Xhamia ka qenë prej kohësh ëndrra e muslimanëve të Tokios. Mbledhja e mjeteve ka filluar në vitin 2003, kur Shoqata shënoi 50 vjetorin e ekzistencës.
Blerja dhe rinovimi i objektit trekatësh ka kushtuar 240 milionë jen (2.3 milionë dollarë). Është paguar me paratë e mbledhura në Japoni dhe me donacionet nga Arabia Saudite, Turqia dhe Emiratet e Bashkuara Arabe, në mesin e vendeve tjera.
Me qëllim të promovimit të mirëkuptimit mes muslimanëve dhe jomuslimanëve, qendra është hapur për të gjithë pa dallim feje.
Qendra do të ofrojë kurse në arabisht dhe në gjuhën indoneziane, si dhe leksione mbi Islamin.
"Në të ardhmen e afërt, Japonia do të duhet të promovoj marrëdhëniet me vendet muslimane", thotë ai Tokumasu. "Thellimi i mirëkuptimit reciprok është gjithashtu e mirë për japonezët."